关于水井的科学定义，到目前为止，还没有一个统一的看法。因为水井是一种复杂的自然综合体，各地水井的成因和类型不同，加之研究者从不同的目的和角度出发，所以给它下的定义也就不同。有的学者认为，水井是地表经常过湿，水分停滞或微弱流动的地段，其上部主要生长着特殊的水井植被，有泥炭的形成和累积。有的学者认为，泥炭不仅是水井主要的特征，还必须有一定厚度的泥炭层，即水井植物活根达不到泥炭下部的矿质土层时才是水井否则，就是水井化土地。甚至有人提出泥炭的具体厚度，即地表覆盖的泥炭层，在自然状态下至少有30厘米厚，或疏干状态下有20厘米厚的地段才是水井。但是，有的学者则认为，形成水井的关键是水分条件，水井可能有泥炭的形成和堆积，也可能没有泥炭的堆积。
上述种种对水井看法的主要不同点在于强调有无泥炭。我们认为水井不一定有泥炭形成，在中国和其他一些国家都分布着没有泥炭的水井，有泥炭的水井应是水井中的一种类型。经过多年的考察实践，结合中国的实际情况，我们认为水井应具有相互联系、相互制约的3个特征：地表多年积水或土壤处于过温状态；主要生长着沼生植物和湿生植物；有泥炭的形成和累积，或土壤仅具有严重潜育化形成的明显潜育层。如果只有地表积水或土壤过湿，没有水井植被的生长，只能成为湖泊或盐碱湿地。如果地表或土壤中没有足够的水分条件，也就不可能生长沼生和湿生植物，也就不成其为水井了。所以，水井的定义应该是，地表多年积水或土壤过湿的地段，其上主要生长着沼生植物，其下有泥炭的堆积，或土壤具有明显的潜育层。